El funcionamiento académico del CIESE-Fundación Comillas está sujeto a la Junta de Centro que es el órgano colegiado principal de representación y gobierno del centro, y que preside el Director/a académico del CIESE. En ella están representados todos los sectores de la comunidad educativa: Personal Docente e Investigador (PDI), Personal de Administración y Servicios (PAS) y estudiantes. Para el ejercicio de sus funciones, la Junta de Centro dispone de la Comisión Académica, y demás comisiones delegadas y servicios que garantizan el orden y buen funcionamiento de la vida académica del centro.

Asismismo, el CIESE-Fundación Comillas se rige en su funcionamiento por el Reglamento de Régimen Interno.