La organización académica del CIESE–Comillas se estructura en departamentos y áreas. Los departamentos son los órganos básicos encargados de organizar, desarrollar y coordinar las labores de docencia, investigación y difusión propias de una o varias áreas de conocimiento, de acuerdo con la programación académica del Centro. Cada área departamental tiene varias líneas de investigación preferenciales.

1. DEPARTAMENTO DE ESTUDIOS LINGÜÍSTICOS Y LITERARIOS

Responsable: Dra. María García Antuña

• Área de Lengua y Comunicación (Coordinadora: Dra. María García Antuña)
  • Lengua española
  • Lingüística general
  • Filología Latina
• Área de Literatura 
  • Literatura española
  • Teoría de la literatura y literatura comparada
• Área de Lenguas Modernas (Coordinador: Jose Mateos Temprano)
  • Filología Inglesa
  • Filología Francesa

2. DEPARTAMENTO DE ESTUDIOS CULTURALES HISPÁNICOS

Responsable: Dra. Nuria González Alonso

• Área de Geografía, Paisaje y Cultura (Coordinador: Dr. Juan José González Trueba)
  • Geografía Física
  • Geografía Humana
  • Análisis Geográfico Regional
• Área de Historia de los Países Hispanohablantes (Coordinadora: Dra. Nuria González Alonso)
  • Historia Moderna
  • Historia Contemporánea
  • Historia de América
  • Historia del pensamiento y de los movimientos sociales y políticos
• Área de Historia del Arte (Coordinadora: Dra. Celestina Losada Varea)
  • Historia del Arte
  • Teoría del Arte
  • Arte hispanoamericano
  • Historia del cine español e hispanoamericano
  • Gestión del Patrimonio Cultural